Una de las ventajas es que al trabajar en un solo archivo todo puede quedar mas compacto. Otra ventaja es que el peso de el proyecto en general quizas sea menor.
Una desventaja es que asi quede compacto, si el archivo pasa a manos de otro programados, va a ser realmente incomodo y complejo encontrar lo que se debe actualizar o reparar del código. Otra desventaja es que si se trabaja de ese modo, el ordén que se requiere como programador se ha perdido y esto va a hablar también de nuestra calidad de trabajo.