Consulte y use el método toUpperCase() devuelve el valor de la cadena convertida a mayúsculas, de tal manera que si no escribieran en mayúscula se pudiera realizar la validación sin problemas.
<meta charset="UTF-8">
,<h1>Programa:Puedo conducir?</h1>
<script>
function saltarLinea() {
document.write("<br>");
}
function imprimir(frase) {
document.write(frase);
saltarLinea();
}
var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");
if((edad>=18) && (tieneLicencia.toUpperCase() =="S")){
alert("Puerdes conducir")
}else{
alert("No puedes conducir")
}
</script>