Mi propuesta del código sería asi:
<meta charset="UTF-8">
<h1>PROGRAMA INICIO DE SESION</h1>
<script>
function saltarLinea() {
document.write("<br>");
document.write("<br>");
}
function imprimir(frase) {
document.write(frase);
saltarLinea();
}
var inicioDeSesionRegistrado = "alura";
var contrasenhaRegistrada = "alura321";
for (var intentos = 1; intentos <= 3; intentos++){
//la variable debe estar dentro del ciclo
var inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
var contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña")
if(inicioDeSesionRegistrado != inicioDeSesionIngresado || contrasenhaRegistrada != contrasenhaIngresada) {
alert("Usuario o contraseña incorrecta. Favor intente de nuevo");
} if (intentos == 3){
imprimir("Lo siento, completado el total de intentos permitidos. Reincie su CONTRASEÑA");
}
if(inicioDeSesionRegistrado == inicioDeSesionIngresado && contrasenhaRegistrada == contrasenhaIngresada) {
alert("Usuario y contraseña correcta. Bienvenido al sistema!!!");
}
}
</script>;