Al parecer se puede pasar de forma explícita un dato de tipo String a numérico con Number, y al revés con String
let victorias = Number(prompt("Informe la cantidad de victorias de su equipo"));
let empates = Number(prompt("Informe la cantidad de empates de su equipo"));
puntosTotal = victorias*3 + empates;
imprimir("El total de puntos de tú equipo es "+ puntosTotal);