Si se dan de cuenta, usé un "return;", lo que hace básicamente es "romper" la función hasta ese punto, solo rompe el for, sino toda la función.
<script>
function verificar() {
for (let posicion = 0; posicion < 4; posicion++) {
if (parseInt(input.value) == secretos[posicion]) {
alert("Acertado.");
return;
}
}
alert("Errado.")
input.value = " ";
input.focus();
}
let secretos = [3, 5, 7, 9];
let input = document.querySelector("input");
let button = document.querySelector("button");
button.onclick = verificar;
</script>