Usando una de las operaciones básicas de las matemáticas para evitar errores

En vez de ir sumando de a 2 el contador, podemos usar la operación aritmética de MÓDULO, ya que un número par es aquel que al dividirlo por 2, el resto o su residuo es 0; por lo tanto teniendo esto en cuenta y usando el condicional If podemos preguntar si, un numero es par, lo imprimo, sino sigo con el siguiente. Esto es mejor ya que ir sumando de a 2 en 2 puede fallar, funciona únicamente si inicializamos el contador en un número par, sino falla, ya que 1 + 2 = 3 por ejemplo.

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    PROGRAMA - TODOS LOS NÚMEROS PARES DEL 1 AL 100
</h1>

<script>

    function saltarLinea() {
        document.write("<br>");
        document.write("<br>");
        document.write("<br>");
    }

    function imprimir(frase) {
        document.write(frase);
        saltarLinea();
    }

    function numerosPares() {
        var cont = 1;
        while(cont <= 100) {
            if(cont % 2 == 0) {
                imprimir(cont);
            }
            cont++;
        }
    }

    imprimir("Números pares de 1 al 100");
    numerosPares();
</script>