Considero que al separar nuestras funciones en archivos independientes nos ayuda a darle mayor legibilidad al código, pero si no queremos llenarnos de muchos archivos, otra opción que tenemos y que es una buena practica, es comentariar todo el código, especificando en cada sección de código, para que sirve.
Esto nos permite reducir los errores, y hacer un código que cualquier desarrollador pueda interpretar y mejorar si es el caso.