El código no respondía de la misma manera entre mayúscula y minúscula. Por lo que puede pasarle a cualquiera, que no obtenga la respuesta deseada solo por poner "s" minúscula en vez de "S" mayúscula en el ingreso del dato y quede entrampado en eso. Se pude manejar en el código para que indiferente de la manera de ingresar la alternativa, sea reconocida. Solucionado con la función .toUpperCase().
<!DOCTYPE html>
<meta charset = "UTF-8">
<html>Licencia de conducir</html>
<script type="text/javascript">
function saltarLinea() {
document.write("<br>");
}
function imprimir(frase) {
document.write(frase);
saltarLinea();
}
var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");
saltarLinea();
if (edad >= 18 && tieneLicencia.toUpperCase() == "S"){
imprimir("Puede conducir");
}else{
imprimir("Lo sentimos, no puede conducir");
}
</script>