Totalmente de acuerdo, de hecho es fundamental, si no quieres tener un desorden de archivos en tu computadora, es obligatorio tenerlo organizado en orden.
Ojo, tambien es importante los nombres de tus archivos, ya que he visto que solo ponen practica1, practica2, y si, a veces estan bien, pero luego no sabemos en que practica vimos "X" tema, por lo que sugiero que pongan en lugar de practica1.html, sea el tema que se vio, por ejemplo encabezados.html
En mi caso, mi carpeta se llama practicas, se me hace mejor y no quiero confudirme con la carpeta logica que ya la tengo.
Saludos Virtuales