Yo tampoco lo entendí y tenía la misma duda, pero si revisas el código es porque no le estas dando la otra condición como así: necesitas otro if o else donde le indicas al usuario que si No tiene licencia no puedes conducir EJm:

if(edad >= 18){

  if(tieneLicencia == "S" ) {

    imprimir("Puede conducir ");

  }
  if (tieneLicencia == "N") {

    imprimir("No Puedes conducir");
  }

}
if (edad < 18) {

    imprimir("no puede conducir");
}

Hola, Espero que esto pueda ayudarlos,

<meta charset="UTF-8">

<script>
    function saltarLinea() {
        document.write("<br>");
    }

    function imprimir(frase) {
        document.write(frase);
        saltarLinea();
    }

    var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
    var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N").toUpperCase();

    if (edad>=18 && tieneLicencia == "S") {
        imprimir("El usuario puede conducir")
    } else{
        imprimir("El usuario no puede conducir")
    }

</script>