Yo lo trabajaria de esta manera, para poder sustituir en cualquier momento la tabla necesaria.
Usar una variable
Yo usé una variable para ambos números.
Hola, también puedes hacerlo con un loop do While o for. Por ejemplo:
let tablaDel = parseInt(prompt("Ingrese un número para crear su tabla de multiplicar"))
document.write("<h1>Tabla del " + tablaDel)
for (i=0; i<=12; i++) {
document.write(`${i} × ${tablaDel} = ${i*tablaDel})
}