En este caso hay que reemplazar el 1 por un 0 ya que los array empiezan por 0. Seria Superman = 0, Thor = 1... y asi secuencialmente.
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
<!-- Aqui reemplaze el 1 original por un 0 -->
for( var i = 0; i < heroes .length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
jajaja tal cual Sebastian estas en lo cierto!
El error esta en la inicialización de la variable del lazo For (i) que si bien el lazo recorre hasta el final del array ya que toma como numero limite superior la long del mismo, comienza a recorrerlo en el segundo elemento ya que i esta inicializada en 1 y los arrays inician con un indice 0