Tomando el cuenta que todo vector tiene un indice el cual inicia desde 0 hasta n numeros dependiendo de los elementos que tenga el array en este caso son 4 elementos el elemento 1 que seria "Supermen" tendria un indice de 0 en el codigo proporcionando la varible del ciclo for se inicializaba en el numero 1 es por eso que salta a el elemento "superman" la solucion a este problema es modificar var i = 0 para que recorra todos los elementos
<meta charset="UTF-8">
<script>
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for (var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
</script>
