hola, el detalle es muy sencillo, como recordarán los arreglos comienzan desde cero, por lo cual, como la variable tiene un valor de 1, no muestra al superhéroe en la posición cero, es decir no muestra a Superman, por lo que es tan fácil como cambiar el valor para que la variable tenga un valor inicial de cero para que después se vaya incrementando de uno en uno.
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}