El problema de Felipe con su código, fue, porque no consideró los índices de su arreglo, por lo tanto, el loop empieza en el índice 1 que corresponde a THOR, por lo tanto, esto se soluciona de la siguiente manera:
<meta charset="UTF-8">
<script>
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes .length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
</script>