Se debe a que en la parte de: for( var i = 1; i < heroes.length; i++) { inicia en la posición 1, siendo esta la posición de "Superman", por lo que lo omite el programa. Se debe inciar desde la posición 0
Es decir, debe de quedar de las siguiente forma: for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
<!DOCTYPE html>
<html lang="es">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<title>Heroes</title>
<link href="https://cdn.jsdelivr.net/npm/bootstrap@5.3.0-alpha3/dist/css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet" integrity="sha384-KK94CHFLLe+nY2dmCWGMq91rCGa5gtU4mk92HdvYe+M/SXH301p5ILy+dN9+nJOZ" crossorigin="anonymous">
</head>
<body>
<div class="container">
<h1>Héroes</h1>
</div>
<script>
let heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
function recorrer(){
for(let i = 0; i < heroes.length; i++){
alert(heroes[i]);
}
}
recorrer();
</script>
</body>
</html>