No se quedo por fuera Superman porque modifique la variable i que al inicio del programa estaba declarada como 1, por lo tanto, un Array empieza desde 0, al haber declarado la variable i como 1 pues quedaba Superman por fuera. yo la declare como 0 y así Superman no se quedo por fuera.
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes .length; i++) { alert(heroes[i]); }