Superman había quedado por fuera porque había puesto la variable .. var i= 1... y superman estaba en el primer lugar que equivale al indice 0.
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<h1>NOMBRES SUPERHEROES</h1>
<script>
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
</script>