La solución es asignarle a i el valor 0 para que pueda tomar todos los nombres del array, dado que Superman que ocupa la posición 0, y por ende lo saltea al colocarle el valor 1. Pidiéndole que arranque desde la posición 1 se encuentra la palabra Thor. El código correcto es
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
