[Sugerencia] Vi que mucho sufrieron en la ultima consulta

Esta es la manera en la que yo la organize por si les ayuda (claramente tiene nombres distintos en las columnas y nombres de las tablas.)

SELECT venta_sabor.sabor, 
       venta_sabor.anio,
       venta_sabor.cantidad_total, 
       ROUND((venta_sabor.cantidad_total/venta_anual.cantidad_total)*100,2) as ventas_proporcion 
       
FROM (
    SELECT p.sabor, SUM(i.cantidad) AS cantidad_total, YEAR(f.fecha) AS anio FROM tb_producto p
        INNER JOIN tb_item i ON i.codigo=p.codigo
        INNER JOIN tb_factura f ON f.numero=i.numero
    WHERE YEAR(f.fecha) = 2016
    GROUP BY p.sabor, YEAR(f.fecha)
    ORDER BY SUM(i.cantidad) DESC
) venta_sabor

INNER JOIN (
    SELECT SUM(i.cantidad) AS cantidad_total, YEAR(f.fecha) AS anio FROM tb_producto p
        INNER JOIN tb_item i ON i.codigo=p.codigo
        INNER JOIN tb_factura f ON f.numero=i.numero
    WHERE YEAR(f.fecha) = 2016
    GROUP BY YEAR(f.fecha)
) venta_anual

ON venta_sabor.anio = venta_anual.anio
ORDER BY venta_sabor.cantidad_total DESC;