La solucion es simple y es cambiando la inicialización de i de 1 a 0 en el for ya que recordemos que los arrays empiezan desde la posicion 0.
<meta charset="UTF-8">
<h1>Superheroes</h1>
<script>
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
document.write("<h2>FIN</h2>");
</script>
