[Sugerencia] Hola encontre otra forma de hacerlo, por favor corregir si está mal:)

<meta charset="UTF-8"/>

<input />

<button>Click para ver si adivinaste</button>

<script type="text/javascript">

    function generarAleatorio(){

        return Math.round(Math.random()*100);

    }

    function rellenarArreglo(tamaño){//2

        var resultado = []; 

        var contador = 0;

        while(contador<tamaño){
            var aleatorio = generarAleatorio();

            if(!resultado.includes(aleatorio)){
                resultado.push(aleatorio);
                contador++;
            }        

            }

        return resultado;
    }


    function limpiarInput(){

        input.value = "";

        input.focus();

    }

    function comparar(){

        var secretoEncontrado = false;

        for (var contador = 0; contador < secretos.length ; contador++){

            if(input.value == secretos[contador]){

                alert("El número secreto ha sido adivinado"); 

                secretoEncontrado = true;

                limpiarInput();

                break;
            }

        }

        if(!secretoEncontrado){

            alert("Sigue intentando adivinar el secreto!");

            limpiarInput();
        }


    }

    var tamaño = parseInt(prompt("Digite el tamaño que desea que tenga su array")); 

    var secretos = rellenarArreglo(tamaño);

    console.log(secretos);

    var input = document.querySelector("input"); 

    limpiarInput();

    var button = document.querySelector("button"); 

    button.onclick = comparar;

</script>