Espero les ayude, me tarde mas de una hora viendo mi codigo, sin saber bien cual era el error.
var inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
var contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña");
Si estas variables se encuentran fuera del "While" la función no tomara en cuenta los intentos, lo que hara que el resultado no se pueda sumar a los intentos y no permita ingresar los nuevos intentos, cayendo en un pequeño loop infinito, limitado a 3, donde no podrán intentar un nuevo intento, solo aparecera nuestro texto "Contraseña incorrecta"