[Sugerencia] Cambiar color de los círculos

En caso de que la longitud del array sea alcanzada (demostrado con un .length - 1, ya que el array empieza en 0]. Entonces regresará al índice 0 del array. Por otro lado solo aumentará el índice del arreglo y se le asignará a la variable color.

<canvas width="600" height="400"> </canvas>

<script>
    var pantalla = document.querySelector("canvas");
    var pincel = pantalla.getContext("2d");    
    pincel.fillStyle = "grey";
    pincel.fillRect(0,0,600,400); 

    function dibujarCirculo(evento){
        var x = evento.pageX - pantalla.offsetLeft;
        var y = evento.pageY - pantalla.offsetTop;    
        pincel.fillStyle = color;
        pincel.beginPath();
        pincel.arc(x,y,10,0,2*3.14);
        pincel.fill();
        console.log(x + "," + y);        
    }

    function alterarColor(evento) {
        if(i != colores.length - 1){
            i++;
            color = colores[i];
        }
        else{
            i = 0;
            color = colores[i];
        }
        return false;
    }

    var colores = ["blue","red","green"];
    var color = colores[0];
    var i = 0;
    pantalla.oncontextmenu = alterarColor;
    pantalla.onclick = dibujarCirculo;

</script>