Todo array empieza en indice 0 en el caso de JS por eso en el for debe inicil con i = 0 y no en i = 1. Quedari de la siguiente manera
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
Hola! Así es! la variable i del ciclo for debe inicializar en 0 para que pueda leer cada valor del array desde el inicio, esto nos demuestra que dependiendo de las condiciones que le pongamos al for, leerá lo que nos convenga según algún problema en un programa. Saludos!