El error de Felipe, fue confundir posiciones con elementos, es decir que la posición de "Superman" es 0, por lo tanto, remplazando var i = 1
por var i = 0
se corregiría el error.
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}