El error que se cometió es considerar que la posición del arreglo inicializaba en 1. Sin embargo, el arreglo inicializa con una posición 0. Por ello, no se mostró a Superman, ya que su nombre se encontraba en la posición 0.
<meta charset="UTF-8" />
<input />
<button>Verificar si acertó con el secreto</button>
<script>
//let secreto = Math.round(Math.random()*10);
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
</script>