Hola, presento mi solución pensando en ejemplos reales donde como usuarios ingresamos mayormente minúsculas
var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");
tieneLicencia = tieneLicencia.toUpperCase();
if (edad >= 18 && tieneLicencia == "S") {
imprimir("Usted puede conducir");
} else {
imprimir("Usted no puede conducir")
}