Solución con booleanos

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<script>

    var inicioDeSesionRegistrado = "alura";
    var contrasenhaRegistrada = "alura321";

    var inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
    var contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña");
    var contador = 1;
    var ok_login = false;
    while(contador <= 3 && !ok_login) {
        if( inicioDeSesionRegistrado == inicioDeSesionIngresado && contrasenhaRegistrada == contrasenhaIngresada ) {
            alert("Bienvenido al sistema " + inicioDeSesionIngresado);
            ok_login = true;
        } else {
            alert("inicio de sesión inválido. Favor intente de nuevo");
            if(contador < 3) {
                inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
                contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña");
            }
        }
        contador++;
    }

</script>