En estos casos te suelen avisar cuantos intentos te quedan, así que me propuse agregarle eso al inicio de sesión.
var inicioDeSesionRegistrado = "alura";
var contrasenhaRegistrada = "alura321";
var intentos = 3;
var contador = 1;
while (contador <= intentos) {
var inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
var contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña");
if (inicioDeSesionRegistrado == inicioDeSesionIngresado && contrasenhaRegistrada == contrasenhaIngresada) {
alert("Bienvenido al sistema " + inicioDeSesionIngresado);
break;
} else {
if (contador == intentos) {
alert("Ha agotado los intentos para iniciar sesion, por favor intentelo más tarde.")
} else {
alert("inicio de sesión inválido. Favor intente de nuevo (Intentos restantes : " + (intentos - contador) + ")");
}
}
contador++
}