Solución

Está excelente tú código, aunque puedes simplificarlo más con la función "AND", el cual simplifica tu doble "if", el cuál si no tienes las dos condiciones toma el valor como "false", pero en el caso de cumplirlas se vuelve "true". Te comparto mi código para que lo puedas checar.

<meta charset="UTF-8">

<h1> ¿Será que puedo conducir? </h1>

<br> <br>

<script>

    function saltarlinea() {

        document.write("<br>");
    }

    function imprimir(frase) {

        document.write(frase);
        saltarlinea();
    }

    var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
    var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");

    if (edad >= 18 &&  tieneLicencia == "S") {
        imprimir("Usted puede conducir");
    }

    else {
        imprimir("Usted NO puede conducir");
    };


</script>