el problema es que en la variable i esta inicia en 1 por lo que no se lee la posición 0.
for( var i = 1; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
debe iniciar en 0, así inicia en el primer valor "Superman".
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}