El arreglo no muestra todos los valores porque toma como punto inicial el indice 1 que representa al Segundo valor del Array. Debe cambiar por 0
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) { //aqui el valor del contador debe iniciar en 0 alert(heroes[i]); }