Veo que ya hicieron el aporte usando el método de arrays includes(), yo dejo por acá el mismo ejercicio sin necesidad de tener un "trigger" (el boolean que indica si existe ese ingrediente), con operadores ternarios reemplazando al if y le indiqué que convirtiera todo a minúsculas para que no se pueda repetir el ingrediente escrito con alguna letra en mayúsculas.
<script>
const ingredientes = [];
const cantidad = parseInt(prompt("¿Cuántos ingredientes vas a añadir?"));
let contador = 1;
while (contador <= cantidad) {
let ingrediente = prompt("Informe el ingrediente número " + contador);
ingredientes.includes(ingrediente.toLowerCase())
? alert(`Ese ingrediente ya está. No se puede repetir.`)
: (ingredientes.push(ingrediente.toLowerCase()), contador++);
}
</script>