Interesante solución, yo lo aplique con un for, no se si lo aplique bien pero funciona, ademas le añadí ese extra de mencionar los intentos restantes tomado de tu código pero adaptado al mío. acá te lo comparto.
<meta charset="UTF-8">
<h1> PROGRAMA INICIO DE SESIÓN</h1>
<script>
alert("Bienvenido, Inicia sesion para ver el contenido")
var inicioDeSesionRegistrado = "luis";
var contrasenhaRegistrada = "luisdev123";
for (var intentos = 1; intentos <= 3; intentos++ ){
var inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
var contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña");
if( inicioDeSesionRegistrado == inicioDeSesionIngresado && contrasenhaRegistrada == contrasenhaIngresada ) {
alert("Bienvenido al sistema " + inicioDeSesionIngresado);
break;
} else {
alert("inicio de sesión inválido. Favor intente de nuevo" + " Le restan " + (3 - intentos));
}
}
</script>