Simulando una pantalla de inicio de sesión

te quedaria mejor asi:

var inicioDeSesionRegistrado = "juan";
    var contrasenhaRegistrada = "1";

    var inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
    var contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña");


    var intentos = 3;
    var contador =1;

    while (contador< intentos) {

    if( inicioDeSesionRegistrado == inicioDeSesionIngresado && contrasenhaRegistrada == contrasenhaIngresada ) {
        alert("Bienvenido al sistema " + inicioDeSesionIngresado);
        break;
    } else {
        alert("inicio de sesión inválido. Favor intente de nuevo, te quedan "+(intentos-contador)+" intentos");
        inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
        contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña");
    }
    contador++;
}

console.log(contador);

if (contador == 3) {
    imprimir("El sistema se ha bloqueado,favor contactar a soporte");
}

Si te sirve de referencia yo lo hice de esta manera.

<meta charset="UTF-8">
<script>

    var inicioDeSesionRegistrado = "alura";
    var contrasenhaRegistrada = "alura321";    
    for (var i = 2; i >= 0; i--) {
        var inicioDeSesionIngresado = prompt("Ingrese su usuario");
        var contrasenhaIngresada = prompt("Ingrese su contraseña");
        if( inicioDeSesionRegistrado == inicioDeSesionIngresado && contrasenhaRegistrada == contrasenhaIngresada ) {
            alert("Bienvenido al sistema " + inicioDeSesionIngresado);
            break;
        } else {

            alert("inicio de sesión inválido. Quedan " + i + " intentos");
        }
        if (i==0) {
            alert("Numero de intentos agotados");
        }        
    }        
</script>