si estoy usando la variable

Hola, veo bastantes errores en tu codigo pero no te preocupes es parte del proceso de aprender, lo puse en en eclipse y te dejare un par de observaciones,

1. deberías mejorar la identacion de tu código para poder tener un guia del flujo de todo, recuerda que un codigo ordenado permite encontrar el error en segundos.
2. No veo problema con la variable agencia, tal vez sea por el editor que debes guardar para que reconozca que se esta utilizando la variable.
3. Te Dejare observaciones en el codigo con anotaciones y palabras subrayadas:

//Siempre que sea una clase tienes que definiciar si sera publica/privada.

**public** class cuenta {
    private int cuenta; 
    private double saldo; 
    private int agencia; 
    cliente titular=new cliente(); 
    
    
    public void depositar(double valor){ 
        this.saldo+=valor; 
    } 
    
    public cuenta(int agencia){ 
        if (agencia <= 0) { 
            this.agencia = 1; 
            System.out.println("No se permiten números negativos para la agencia."); 
        } else { 
            this.agencia = agencia; 
        } 
    } 
    
    //Siempre que se crea un metodo se debe indicar si sera publico/privado 
**	--Public--- **     boolean retirar(double valor){ 
        if(this.saldo>=valor){ 
            System.out.println("realizando transaccion por favor espere"); 
            this.saldo-=valor; System.out.println("retiro exitoso"); 
            return true; 
        } else{ 
            System.out.println("fondo insuficiente"); 
            return false;
            } 
        } 
    
    **	--Public--- **  boolean transferir(double valor,cuenta cuenta){ 
        if(this.saldo>=valor){ 
            System.out.println("realizando transaccion por favor espere"); 
            this.saldo-=valor; 
            this.cuenta+=valor; 
            System.out.println("transaccion exitosa"); 
            return true; 
            } else{ 
                System.out.println("fondo insuficiente"); 
                return false;
                } 
        } 
    
    public double getfondos(){ 
        return this.saldo; 
    } 
    
    public void setcuenta(int cuenta){ 
        if(cuenta>0){ 
            this.cuenta =cuenta; 
        } else{
            System.out.println("invalid no negative value"); 
        }
    } 
    
    public int getcuenta(){ 
        return this.cuenta; 
    }
    
}

Saludos!