hola yeison, gracias por mostrar tu código , algo para agregar seria El toUpperCase() método devuelve el valor convertido en mayúsculas de la cadena que realiza la llamada. 
ya que no es lo mismo s == S .
<html>
    <meta charset="UTF-8">
        function imprimir(frase) {
            document.write(frase);
            saltarLinea();
        }
        var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
        var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N").toUpperCase();
        if ( tieneLicencia == "S" ) {
            if( edad >= 18 ) {        
                imprimir("Puedes conducir");
            } else {
                imprimir("No puedes conducir");
            }
        } else {
            imprimir("No puedes conducir");
        }
    </script>
</html>
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