Solo hay que evaluar los variables en un solo If : if(edad >=18 && tieneLicencia == "S"
<meta charset="UTF-8">
<script>
function saltarLinea() {
document.write("<br>");
}
function imprimir(frase) {
document.write(frase);
saltarLinea();
}
var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");
if(edad >=18 && tieneLicencia == "S") {
imprimir("Puedes conducir")
}
else {
imprimir("No puedes conducir " )
}
</script>