Buenas noches, el codigo en efecto tiene el resultado esperado. Pero hay oportunidades de mejorar ya que utilizas el mismo condicional dos veces. Prueba anidando condiciones de esta manera:
<meta charset="UTF-8">
<script>
function saltarLinea() {
document.write("<br>");
}
function imprimir(frase) {
document.write(frase);
saltarLinea();
}
var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
if (edad >=18){
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");
if (tieneLicencia.toUpperCase() == "S"){
imprimir("usted puede conducir ");
}else{
imprimir("usted no puede conducir ");
}
} else {
imprimir("usted no tiene edad para conducir");
}
</script>