Una buena practica es la de crearnos un archivo con extension .js hay veces que nuestro codigo de JS se puede volver extenso y si no esta bien comentariado este puede causar algun tipo de confusiones ya sea a colegas o a nosotros mismos por lo cual es una buena practica desde el principio hacerlo.
1) Tenemos el siguiente codigo:
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
<title>Document</title>
</head>
<body>
<script>
alert("Hola Mundo")
</script>
</body>
</html>
2)Crearemos un archivo script.js donde colocaremos nuestro codigo de JS.
<script>
alert("Hola Mundo")
</script>
3) Por ultimo hacemos la llamada al codigo de JS en el archivo script.js en nuestro archivo html.
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
<title>Document</title>
</head>
<body>
<!--LLamamos nuestro codigo en el archivo de JS que creamos-->
<script src="script.js">
</script>
</body>
</html>
Y listo algo importante es la cuestion de poder colocar bien la ruta donde esta el archivo.