La solucion es que la variable contador debe inicializar en 0 para que recorra el array desde su primer elemento
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<title>Heroes</title>
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<h2>HEROES</h2>
<button>JUGAR</button>
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// Variables
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"]; //arrays de numeros establecidos
function jugar() {
var encontrado = false; // booleano para ver si acertamos
for (var i = 0; i < heroes.length; i++) { // Inicializar el contador en 0 para que lea el primer elemento del array
alert(heroes[i]);
}
}
var button = document.querySelector("button");
button.onclick = jugar;
</script>
</body>
</html>
