Solucionado
Aca tengo el codigo corregido:
let numeroSecreto = 3;
alert("Estas calificado para ser jugador?");
let numeroUsuario = prompt("Jugador dime el posible numero secreto del 1 - 10")
console.log(numeroUsuario);
if(numeroUsuario == numeroSecreto){
alert(`${numeroSecreto} es el numero secreto, felicidades`);
} else if(numeroSecreto > numeroUsuario){
alert("Perdiste, el numero es mas que eso.")
}else{
alert("Perdiste, el numero es menos que eso.")
}
Tu error se debe en el bloque de la condicion else if(numeroSecreto > numeroUsuario); esto se debe a que despues del parentesis, le agregaste un punto y coma, por ende el programa piensa que ahi termina la secuencia del condicional.
Espero haberte ayudado.
Saludos :)