El problema que se presenta es que no se esta tomando en cuenta que los indices de los arreglos empiezan desde el 0, en este caso se empieza a leer el arreglo desde el subindice 1 y "Superman" esta en el 0, por lo tanto nunca va a mostrar esa palabra si no se hace la modificacion correspondiente.
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for(var i = 0; i < heroes.length; i++) { alert(heroes[i]); }