Refinando nuestro código

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<input/>
<button>Verificar si acertó con el secreto</button>

<script type="text/javascript">

    function aleatorio(){
        return Math.round(Math.random()*10);
    }

    function sortearNumeros(cantidad){
        var secretos = [];
        var contador = 1;

        //Generá números aleatorios sin repetirlos
        while(contador <= cantidad){
            var numeroAleatorio = aleatorio();
            console.log(numeroAleatorio);
            var encontrado = false;

            if(numeroAleatorio!=0){

                for(var posicion=0; posicion < secretos.length;posicion++){
                    if(numeroAleatorio==secretos[posicion]){
                        encontrado=true;
                    break;
                    }
                }

                if(encontrado==false){
                    //ingrese valores a la variable
                    secretos.push(numeroAleatorio);
                    contador++;
                }
            }

        }

        return secretos;
    }

    var secretos = sortearNumeros(4);
    console.log(secretos);

    var input = document.querySelector("input");
    input.focus();

    function verificar(){
        var encontrado = false;
        for(var posicion=0; posicion < secretos.length;posicion++){
            if(parseInt(input.value) == secretos[posicion]){
                alert("Usted acertó");
                encontrado = true;
                break;
            }
        }
        if(encontrado==false){

            alert("Usted erró")    
        }
        input.value="";
        input.focus();
    }
    var button = document.querySelector("button");
    button.onclick = verificar;
</script>