Hola Sergio, hice unas ligeras modificaciones a tu código, pruébalo y me dices:
var ingredientes = [];
var cantidad = parseInt(prompt("¿Cuántos ingredientes vas a añadir?"));
var contador = 1;
while(contador <= cantidad) {
var ingrediente = prompt("Informe el ingrediente " + contador);
var existe = false;
if(ingrediente != ingredientes) {
for (var ola = 0; ola <ingredientes.length; ola++) {
if(ingredientes[ola] == ingrediente) {
existe = true;
break;
}
}
if(existe == false) {
ingredientes.push(ingrediente);
contador++;
}
}
}
console.log(ingredientes);
Puedes copiarlo y compararlo con el tuyo para que veas paso a paso las diferencias.
Saludos.