Primero lo que supuse es que el programa tomaba el + como concatenacion asi que despues de la multiplicacion puntosTotal = victorias * 3
puse empates entre parentesis pero con un + antes para que se entendiera que la orden era "el resultado de esa multiplicacion sumale el numero de empates quedando asi
puntosTotal = victorias * 3 + (+ empates);
y funciono bien, aunque luego me di cuenta que los parentesis eran innecesarios pues parece que el programa toma el primer + como concatenacion y el segundo como suma asi que quedo asi
puntosTotal = victorias * 3 + + empates;
y parece que funciona sin ningun parseInt()
aca esta el codigo completo por si me equivoco (perdon no es completo porque si lo pongo completo solo aparece lo hecho en html)
var victorias = prompt("Informe la cantidad de victorias: ");
var empates = prompt("Informe la cantidad de empates: ");
puntosTotal = victorias * 3 + + empates;
imprimir("El total de puntos del equipo es: " + puntosTotal);