hay una pequeña observación, y es que ahí nada mas estas validando para cuando la persona ingrese una edad mayor a 18 y diga "S", y a su vez para cuando digite una edad menor a 18, pero no validas para el caso de que ingrese una edad mayor a 18 y y diga "N", considero que si funcionaria pero no completo jeje. seria algo mas o menos así.

<meta charset="UTF-8">

<script>
    function saltarLinea() {
        document.write("<br>");
    }

    function imprimir(frase) {
        document.write(frase);
        saltarLinea();
    }

    var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
    var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");

    if(edad >= 18){

        if(tieneLicencia == "S" || tieneLicencia =="s"){
            imprimir("Felicidades, puedes conducir!!!!");
        }
        else if(tieneLicencia == "N" || tieneLicencia =="n"){
            imprimir("Perdon, ustéd no puede conducir");
        }
    }else {
        imprimir("Perdon, ustéd no puede conducir");
    }

</script>

debido a que tienes que validar dos cosas que tenga 18 años o mas y que tenga licencia.