Hola Alejandra como estas! espero andes muy bien... una forma de asegurarte de que siempre se evalue la condicion if con mayusculas es utilizar la funcion "toUpperCase()", esta funcion permite que lo que ingrese el usuario JS lo convierta en mayusculas. Quedaria asi:
var tieneLicencia = prompt("¿Tiene licencia? Response S o N").toUpperCase();
En este caso, si por error el usuario ingresa una s en minusculas JS lo convierte a mayusculas y evitas bags en el condicional. Tambien puede concatenar las condiciones con el &&.
if (edad >= 18 && tieneLicencia == "S"){
imprimir("Puedes conducir")
}else{
imprimir("No puede conducir")
}
Espero te sea de ayuda mi aporte. Exitos!