Primeramente, te recomiendo que mejores la indentación/sangrías del código (es decir, que se vea más ordenado). Lo otro, como aún no hemos visto else if , te recomiendo también que uses los condicionales separados.
<meta charset="UTF-8">
<script>
function saltarLinea() {
document.write("<br>");
}
function imprimir(frase) {
document.write(frase);
saltarLinea();
}
var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");
if (edad < 18 && tieneLicencia == N){
imprimir("No puedes conducir");
}
if(edad >= 18 && tieneLicencia == S){
imprimir("Puedes conducir");
}else{
imprimir("Puedes conducir pero no es debido con las especificaciones que mencionaste");
}
</script>